Bei mir ist die Layerstruktur bauteilorientiert.
Es ist halt gewöhnungsbedürftig, dann nur noch innerhalb der Gruppen zu arbeiten. Wenn man nicht aufpaßt, landet das Element in Layer0 und man hat Probleme einer sauberen Trennung bei Ausblenden oder weiterarbeiten.
Ich denke mal die Layer sind hauptsächlich zum Einlesen von Autocad-DWG Dateien.
Edit:
Hatte ein Bild angefügt, dass leider nicht gezeigt wird.